A validade das normas foi questionada por meio de ações diretas de inconstitucionalidade protocoladas pela Procuradoria-Geral da República (PGR) e pelo PSOL no início de 2013.
Entre os pontos mais contestados por ambientalistas estava o Artigo 60 do Código, também julgado constitucional pela maioria dos ministros. O dispositivo prevê a suspensão da punibilidade por crime ambiental para os proprietários de imóveis rurais que assinaram termo de compromisso com os órgãos ambientais para regularizar áreas desmatadas. No entendimento de ativistas, a norma promovia anistia dos crimes cometidos.
Último ministro a votar sobre a questão, após uma semana que julgamento, Celso de Mello votou com a maioria e entendeu que a suspensão não pode ser considerada anistia. Segundo o ministro, a regra teve objetivo de estimular quem estava irregular a procurar o Estado e regularizar sua situação.
“Além de induzir, estimula os agentes que tenham praticado determinados delitos ambientais, antes de 22 de julho de 2008, a solver o seu passivo ambiental.”, argumentou Mello.
Em 2017, o Instituto Estadual de Meio Ambiente (Imasul) divulgou que 70% das propriedades rurais estão adequadas ao Código Florestal.
